Na vaše vprašanje terminologi žal ne moremo nedvoumno odgovoriti, saj gre za zadrego na ravni pojma, ne na ravni poimenovanja. To pomeni, da se morate strokovnjaki dogovoriti, ali gre za dva pojma ali ne. V angleščini imamo torej dva termina – protein expression in gene expression. V vprašanju pišete, da gene expression označuje »sledenje stopnjo nižje, na ravni RNA«, iz česar sklepamo, da v angleščini ne gre za en pojem. V tem primeru bi bilo seveda logično, da bi pri dveh različnih pojmih, ki ju v angleščini označujeta dva različna termina, imeli tudi dva slovenska termina, torej izražanje proteinov za protein expression in izražanje genov za gene expression. V strokovnih besedilih sicer najdemo pojavitve za oba termina, npr. izražanje proteinov v diplomski nalogi A. Sedlar Primerjava dveh brezceličnih sistemov za izražanje proteinov (2007) ali izražanje genov v doktorski nalogi R. Paškulina Farmakodinamika enteogenih drog – vpliv na izražanje genov (2012).

Vendar pa je očitno, da se stroka ali del stroke ne strinja s tem, da gre za dva različna pojma. Problem očitno ni vezan le na razumevanje pojma pri nas, saj tovrstna opozorila najdemo tudi v angleških besedilih, npr. v angleškem slovarju G. Kahla The Dictionary of Genomics, Transcriptomics and Proteomics (založba Wiley-Blackwell, 2015, 5. izd.), kjer pri iztočnici protein expression (str. 1798) piše: »An infelicitous and misleading term for → gene expression. The terms »protein expression« and »protein expression profiling« should be avoided, because only genes can be expressed (into → messenger RNAs, which in turn are translated into proteins, the products of gene expression.)«. V Slovarju izbranih izrazov iz biokemije in molekularne biologije je pri iztočnici protein expression, ki ima ustreznik izražanje proteinov, v oklepaju naslednja opomba »(strokovni žargon; v resnici gre za izražanje genov, ne proteinov)«. S terminološkega vidika v tem primeru ne bi govorili o žargonu, saj se žargon nanaša zlasti na govorni prenosnik, natančneje na neformalno ali polformalno govorno sporazumevanje med strokovnjaki, v našem primeru pa se o izražanju proteinov tudi (ali predvsem) piše.

Težava torej ni v tem, ali je poimenovanje izražanje proteinov žargonsko ali ne, ampak v tem, ali ustrezno označuje pojem, ki je v angleščini poimenovan protein expression. Z vidika jezikovnega sistema torej z izrazom izražanje proteinov ni nič narobe, težavo s samim pojmom pa lahko rešite le strokovnjaki sami. Če se odločite, da gre za dva različna pojma, obdržite obstoječa slovenska termina izražanje proteinov in izražanje genov. Če pa se odločite, da gre za en pojem, se lahko tudi dogovorite, da je slovenski ustreznik za oba angleška termina – gene expression in protein expression – izražanje genov, vendar pa opozarjamo, da bi bil glede na relativno ustaljenost termina izražanje proteinov v tem primeru potreben širok konsenz v stroki, verjetno pa celo med več sorodnimi strokami (genetika, mikrobiologija, medicina itd.).